در دهه 1340 بدلیل مسائل سیاسی وقت و دستور انحلال شاهین، چند سالی با نام شهباز و پس از آن با نام تابان بوشهر ادامه فعالیت داد و سرانجام پس از انقلاب مجدداً با نام شاهین بوشهر حضور خود را در فوتبال ایران دنبال کرد. این تیم بارها و بارها در مسابقات مختلف لیگ های فوتبال ایران به دسته های پایین سقوط کرده و به دسته های بالاتر صعود نموده است.

شاهین بوشهر همواره بازیکنان بزرگی در اختیار داشته و استعدادهای فراوانی را به فوتبال کشور معرفی کرده است. بازیکنانی همچون پوربهی، زنگویی، گرانبها، برزگر، سالار، تورانی، رزمی، ماهینی، احمدی، وفایی، ابراهیم زاده، ملاح زاده و ... که همگی از بزرگان و تاریخ سازان این باشگاه بوده اند.

بالاترین جایگاه شاهین بوشهر در سال های پیش از انقلاب مربوط به حضور در لیگ دسته دوم جام تخت جمشید است.

این تیم در سال 1373 در سطح اول فوتبال ایران که آن سالها لیگ دسته اول جام آزادگان نام داشت و در دو گروه 12 تیمی دنبال می شد حضور پیدا کرد و پس از یکسال مجددا به دسته پایین تر سقوط نمود.

شاهین چند سال بعد و در سال 1379 به لیگ استان بوشهر سقوط کرد، اما فصل بعد و در روز پایانی در حالی که حمید کللی فرد را بعنوان سرمربی روی نیمکت داشت، با دوگل قائدپوری و دشتی پرسپولیس برازجان را برد و به لیگ منطقه ای رسید. سال 1381 نیز در روز آخر لیگ منطقه ای باشگاههای کشور با تک گل قائدپوری و مجددا با رهبری کللی فر وحدت آبادان را پشت سر گذاشت وراهی لیگ دسته دوم شد.

سال 1382 در لیگ دسته 2 باشگاههای کشور با مربیگری محمد عباسی در روز آخربا تک گل ایمان دشتی ازسد کاوه گذشت و به دسته اول صعودکرد و ازسال 83 تا 86 نیز در دسته اول بود.

این تیم از  سال ۱۳۸۶ تحت پوشش سازمان انرژی اقتصادی پارس قرار گرفت و به نام شاهین پارس جنوبی بوشهر تغییر نام داد.

شاهین در فصل ۱۳۸۷-۸۸ با پیروزی مقابل شهرداری تبریز در پلی آف به لیگ برتر فوتبال ایران صعود کرد.

از نتایج خوب و به یاد ماندنی این تیم در دوران حضور در لیگ برتر، حذف کردن تیم استقلال از جام حذفی و شکست ۴-۱ پیروزی تهران (با مربیگری علی دایی) در ورزشگاه بهشتی بوشهر بود.