به گزارش متافوتبال، ماریو گوتسه در تابستان 2013 با پرداخت شدن رقم فسخ قرارداد 37 میلیون یورویی‌اش توسط بایرن مونیخ به جمع باواریایی‌ها پیوست و به 12 سال حضورش در بورسیا دورتموند پایان داد. با وجود اینکه ماریو در همان فصل اول حضورش در این تیم، قهرمانی در بوندس‌لیگا و جام حذفی آلمان را تجربه کرد ولی مدافع پیشین تیم ملی آلمان معتقد است او در دورتموند لذت بیشتری از بازی کردنش می‌برد.
یورگن کولر در گفت‌و‌گو با نشریه «کیکر» آلمان گفت: صادقانه می‌گویم که عملکرد گوتسه در بایرن مونیخ را اصلاً دوست ندارم. شاید او در بایرن هم گل‌هایی زده باشد ولی به نظر می‌رسد که درون زمین لذت کافی را از بازی‌اش نمی‌برد. خیلی وقت است که دیگر حرکات انفرادی ماریو را در زمین نمی‌بینم. به نظر من او زمانی که در دورتموند بود، بازیکن بهتری بود.
مدافع پیشین تیم‌های بایرن مونیخ، یوونتوس و دورتموند در ادامه عنوان کرد: البته فشاری که در باشگاهی همچون بایرن مونیخ است می‌تواند روی عملکرد بازیکنان تأثیر بگذارد. در بایرن اگر به نتایج موردنظر نرسید مسئولان این تیم آماده موضع‌گیری علیه شما هستند و شاید به همین خاطر است که باعث شده تا گوتسه کمی دچار اُفت شود.
ماریو گوتسه که در فینال جام جهانی 2014 گل قهرمانی ژرمن‌ها را مقابل آرژانتین به ثمر رساند در 24 بازی فصل جاری بوندس‌لیگا 9 گل برای باواریایی‌ها به ثمر رسانده است.
