برخی موارد قرارداد کارلوس کی‌روش با فدراسیون فوتبال باعث شد بین او و فدراسیون اختلافاتی به وجود بیاید و دو طرف دوباره مذاکره کنند.
یکی از موارد مورد اختلاف بحث انتخاب دستیار ایرانی در تیم ملی به عنوان دستیار اول بود که این کار تا به اینجا توسط کی‌روش صورت نگرفته است. این مربی پرتغالی پس از تمدید قرارداد با فدراسیون فوتبال علی کریمی را به عنوان دستیار ایرانی خود انتخاب کرد اما به نظر نمی‌رسید او دستیار اول باشد و نقش زیادی هم در تمرینات تیم ملی نداشت. برخی مسائل باعث شد همکاری بین کریمی و کی‌روش پیش از جام ملت‌های آسیا به پایان برسد تا عملاً این مربی پرتغالی بدون دستیار ایرانی به کار خود ادامه دهد.
با وجود اینکه کی‌روش تأکید دارد مارکار آقاجانیان دستیار ایرانی او در تیم ملی است اما این مربی هم بیشتر نقش آنالیزور را دارد و نمی‌تواند نقش دستیار اول سرمربی پرتغالی را در تیم ملی ایفا کند.
در حال حاضر و طبق توافقاتی که پیش از این بین فدراسیون فوتبال و کارلوس کی‌روش به وجود آمده و در قرارداد هم گنجانده شده است، سرمربی تیم ملی باید دستیار اول خود را از بین مربیان ایرانی انتخاب کند. با توجه به اینکه جواد نکونام از بازی‌های ملی خداحافظی کرد و علی کفاشیان هم پیش از این اعلام کرده بود وی پس از خداحافظی به عنوان مربی به تیم ملی اضافه می‌شود بعید نیست این اتفاق به زودی رخ دهد و نکونام به عنوان مربی جدید تیم ملی معرفی شود.
کفاشیان در آخرین اظهارنظر خود در این خصوص گفت: با اینکه نکونام از بازی‌های ملی خداحافظی کرده اما او هنوز می‌تواند به تیم ملی کمک کند. نکونام با مشورت‌هایش می‌تواند کنار کی‌روش باشد و به تیم ملی کمک کند.
با این شرایط باید منتظر بود و نام جواد نکونام را به عنوان مربی جدید تیم ملی از زبان کی‌روش یا علی کفاشیان شنید تا وی دستیار اول سرمربی پرتغالی تیم ملی شود، چرا که این اتفاق به احتمال فراوان به زودی رخ خواهد داد.
