با توجه به مشکلات اقتصادی کشور، قوانین مجلس مبنی بر کمک نکردن نهادهای دولتی به باشگاه‌های ورزشی، افزایش مالیات‌ها و... بسیاری از باشگاه‌ها دچار مشکلات مالی شده‌اند که یکی از این باشگاه‌ها سپاهان است.
با وجود اینکه این باشگاه اصفهانی همیشه جزو باشگاه‌های منضبط در پرداخت‌های مالی بوده و دچار مشکلی مالی نشده اما این بار داستان فرق کرده و شرایط برای سپاهانی‌ها نیز سخت شده است.
در حال حاضر باشگاه سپاهان به دلیل بدهی‌های مالیاتی سنگین و کم شدن بودجه باشگاه که روی درآمدهای این باشگاه تأثیرگذار بوده، دچار مشکل مالی شده و با وجود پرداختی که به بازیکنان داشته اما این هنوز این کار را به صورت کامل انجام نداده است.
باشگاه سپاهان رسماً اعلام کرده مشکلات مالی در کار آنها خلل ایجاد کرده است. مهرزاد خلیلیان مدیرعامل این باشگاه در گفت‌وگو با تسنیم با اعلام این خبر گفت: بعد از یک سال و برای اولین بار اعلام می‌کنم که مشکلات مالی مانند همه باشگاه‌ها گریبان ما را گرفته است. با اینکه باشگاه سپاهان به یک باشگاه بدون مشکل مالی مشهور است اما باید بگویم بدهی‌های زیادی داریم و این موضوع به باشگاه فشار آورده است.
